長谷川平蔵（松本幸四郎）は本所界隈を見廻り中に、若かりし頃の道場仲間で親友の岸井左馬之助（山口馬木也）、香具師あがりの無頼者、相模の彦十（火野正平）と再会する。左馬之助からかつて二人が憧れた娘、おふさ（原沙知絵）が嫁ぎ先を離縁され、悪御家人の御新造になっていると知らされる。彦十がその御家人の身辺を探ると、平蔵、左馬之助の青春時代の恩師に繋がる因縁と悪事が明らかになる。

長谷川平蔵(松本幸四郎)が若かりし頃に世話になった居酒屋の娘・おまさ(中村ゆり)が密偵になりたいと申し出て来る。平蔵はその願いを退けるが、おまさは平蔵が芋酒や『加賀や』の主人と盗賊の二つの顔を持つ鷺原の九平（柄本明）を探していることを知り、独断で探索に乗り出す。九平を探すうちに兇賊・網切の甚五郎(北村有起哉)の企みを知ったおまさは首尾よく網切一味の中へ入り込む。しかし、おまさは絶体絶命の危機に陥る。

火付盗賊改方の同心・小野十蔵（柄本時生）は、盗賊・助次郎（窪塚俊介）の探索中、女房おふじ（藤野涼子）が、助次郎を殺した現場に遭遇する。身重のおふじに同情した十蔵は、助次郎の死体を隠しておふじをかくまう。そのころ助次郎も加わっていた盗賊の頭・野槌の弥平を追っていた火付盗賊改方は、一味の小房の粂八を捕縛する。すると、ほどなく一味の小川や梅吉（波岡一喜）が十蔵を呼び出し、おふじを攫ったと告げる。おふじを救いたければ粂八を牢から逃がせと脅しをかけて来る。

捕縛された盗賊・野槌の弥平一味の小房の粂八（和田聰宏）は、かつて自分のお頭だった盗賊・血頭の丹兵衛（古田新太）が残虐な盗みを働いたと知り、それは偽者だと主張する。粂八が知っている丹兵衛は、"殺さず、女を犯さず、貧しき者から盗まず"という三ケ条を掟とする本格派の盗賊だった。粂八は密偵となって丹兵衛一味が潜伏しているという島田宿に赴きたいと平蔵に願い出る。島田宿での探索が続く中、江戸では新たに丹兵衛の仕業と思われる盗みが発生するが。

長谷川平蔵（松本幸四郎）、密偵・小房の粂八（和田聰宏）とも因縁浅からぬ稀代の大盗賊・蓑火の喜之助（橋爪功）が隠居暮らしを送っていた京都から江戸にやって来る。
喜之助は、若かりし頃の想い人とそっくりな茶汲女・おとよ（北乃きい）と出会い、彼女のために江戸で最後の大仕事を企んでいたのだ。
平蔵から喜之助の探索を命じられた粂八は、独断で喜之助を思い止まらせようとする。
しかし、喜之助が集めた助働きの一味には粂八の正体を知る者がいて、ふたりとも絶体絶命の窮地に陥る。

凶賊・蛇(くちなわ)の平十郎が、座頭を装う配下の引き込み役・彦の市（マキタスポーツ）を香具師の元締・三の松平十（中村吉之丞）のもとに送り込む。
平十郎は、暗黒街の顔役でもある平十に長谷川平蔵（松本幸四郎）の暗殺を依頼してきたのだ。
ある晩、所用を済ませ役宅への帰途に着いた平蔵は、異様な殺気と妖艶な芳香を纏う凄腕の刺客・金子半四郎（早乙女太一）に急襲される。
刺客の纏う芳香が髪あぶら「白梅香(はくばいこう)」だと突き止めた平蔵が探索を進めると、半四郎と彦の市を繋ぐ意外で皮肉な運命の糸が明らかになる。

長谷川平蔵（松本幸四郎）は同心・木村忠吾（浅利陽介）を伴い、父・宣雄の墓参のため16年ぶりに京都を訪れた。
墓参を終えた平蔵と忠吾は宿に向かう道中、ならず者に追われる、物言わぬ娘・およね（三木理紗子）を助ける。
平蔵は旧知の仲である京都西町奉行所の与力・浦部彦太郎（内藤剛志）を頼り、奉行所に彼女を預け、奈良へ発とうとするが、およねは突然、平蔵に同行を懇願する。およねが奉公していた大坂の旅宿「出雲屋」を営む主人には裏の顔があった。奈良に向かう平蔵一行に大盗賊・高津の玄丹（渡辺いっけい）一味の魔手が迫る。